美しく開花した妙蓮の花（7月末から8月初め頃）	妙蓮池に育つ妙蓮と池の中央部に架けられた橋

天台宗の慈覚大師（円仁）によって中国から持ち帰ったと伝えられる妙蓮は毎盛夏、貴重な花を付ける。名前の由来は、一つの茎に数個の花を付けることからで、2から最大で12に達する。中国では十二時蓮あるいは千弁蓮とも呼ばれ、国内でも双頭蓮と呼ばれたことがある。田中の妙蓮は明治38年以降、開花しなくなっていたため、昭和35年に故大賀一郎博士が大日堂の池から移植していた金沢市の持明院から再移植され、熱心な研究の結果再び開花することになった。古記録も地元に残っており、江戸時代から明治にかけての「蓮華立覚之記」などから、天皇、皇室、大名に献上されていたことがわかる。

一休宗純お手植えの、樹齢数百年の銀木犀の老木	金木犀と違い、白くほのかな香の花を咲かせる

少林寺境内中央にある「一休宗純お手植え」の伝承を持つ銀木犀は推定樹齢が数百年に達する古木である。木犀の中でこれほど樹齢を重ねた例は少なく、しかも、伝承を有す貴重な樹木として位置づけられる。

樹齢600年のオハツキイチョウの大木	イチョウの枯葉に付いているギンナンの実

東門院の境内、南端の川岸にある高木のイチョウは葉の一部に「ぎんなん」を付ける。これをオハツキイチョウと呼び珍しい植物学的特徴である。県内では米原町に国指定天然記念物の了徳寺オハツキイチョウがある。